O Conselho Nacional de Educação foi criado em 1982, pelo Decreto-Lei nº 125/82, de 22 de Abril, como um órgão superior de consulta do então Ministro da Educação e das Universidades, com o objectivo de “propor medidas que [garantissem] a adequação permanente do sistema educativo aos interesses dos cidadãos portugueses.
Em 1987 veio a ser instituído pela Assembleia da República (Lei º 31/87, de 9 de Junho) com a matriz que ainda hoje o caracteriza, como órgão com funções consultivas e ampla representatividade, com um elevado grau de independência e orientado para a formação de consensos. O presidente deixa de ser um representante do Ministro e passa a ser eleito pela Assembleia da República por maioria absoluta dos deputados com efectividade de funções. Desgovernamentaliza-se a composição do Conselho, passando a alargar-se o seu âmbito de representatividade a outros agentes da sociedade.
No ano seguinte, em 1988, são promovidos alguns ajustamentos que a prática aconselhou, nomeadamente os que se relacionam com o funcionamento da Comissão Permanente (Decreto-Lei nº 89/88, de 10 de Março) e os que decorrem da constituição de um Conselho Administrativo que permite operacionalizar as competências que lhe advêm do seu estatuto de autonomia administrativa e financeira (Decreto-Lei nº 423/88, de 14 de Novembro).
Outros ajustamentos são introduzidos em 1991, 1996 , 2005 e 2009, mas sem que se tivesse alterado a matriz de 87, instituída pela Assembleia da República.