O Conselho Nacional de Educação foi criado em 1982, pelo Decreto-Lei n.º 125/82, de 22 de abril, como um órgão superior de consulta do então Ministro da Educação e das Universidades, com o objetivo de “propor medidas que [garantissem] a adequação permanente do sistema educativo aos interesses dos cidadãos portugueses".
Em 1987, na sequência da publicação da Lei de Bases do Sistema Educativo, que institui expressamente o Conselho no seu artigo 46.º, o Decreto-lei n.º 125/82 foi ratificado com alterações pela Lei n.º 31/87, de 9 de julho. Este diploma prevê a matriz que ainda hoje caracteriza o Conselho, isto é, como órgão com funções consultivas e ampla representatividade, com um elevado grau de independência e orientado para a formação de consensos. O presidente deixa de ser um representante do Ministro e passa a ser eleito pela Assembleia da República por maioria absoluta dos deputados com efetividade de funções. Desgovernamentaliza-se a composição do Conselho, passando a alargar-se o seu âmbito de representatividade a outros agentes da sociedade.
No ano seguinte, em 1988, são promovidos alguns ajustamentos que a prática aconselhou, nomeadamente os que se relacionam com o funcionamento da Comissão Permanente (Decreto-Lei n.º 89/88, de 10 de março) e os que decorrem da constituição de um Conselho Administrativo que permite operacionalizar as competências que lhe advêm do seu estatuto de autonomia administrativa e financeira (Decreto-Lei n.º 423/88, de 14 de novembro).
Outros ajustamentos são introduzidos em 1991, 1996 , 2005, 2009 e 2015 mas sem que se tivesse alterado a matriz de 87, instituída pela Assembleia da República.