O relatório “Estado da Educação 2020” (edição de 2021) está estruturado em quatro partes.
O EE2020 apresenta uma organização semelhante ao relatório de 2018, na primeira parte que apresenta os dados de referência com o quadro para as políticas europeias e nacionais e os indicadores para Portugal que retratam a evolução que se registou nos últimos dez anos, no domínio da educação e formação de crianças, jovens e adultos.
A segunda parte problematiza os dois estudos do CNE, produzidos entre 2020 e 2021, que procuraram compreender os efeitos da pandemia na educação e identificar respostas encontradas pelos atores no terreno ao atenderem às alterações e diferenças espoletadas ou adensadas pelo encerramento dos estabelecimentos de educação e ensino, em março de 2020.
As duas últimas partes integram testemunhos e reflexões sobre a pandemia causada pela COVID-19.